Pôdohospodárska platobná agentúra je rozpočtovou organizáciou zapojenou finančnými vzťahmi na rozpočet Ministerstva pôdohospodárstva a rozvoja vidieka SR. Činnosti spojené s poskytovaním podpory v pôdohospodárstve a rozvoji vidieka vykonáva len na základe akreditácie udelenej Ministerstvom pôdohospodárstva a rozvoja vidieka SR.